Основы ImageJ

ImageJ это мощная программа для научного анализа изображений. Созданная Национальным институтом здравоохранения США, ImageJ является общественным достоянием (лицензия Public domain), может быть запущена на различных операционных системах, для которых есть виртуальная машина Java. Название ImageJ происходит от изображение (Image) и Java - язык, на котором написана программа. Скачать ImageJ можно по адресу http://imagej.nih.gov/ij/download.html
Подробно по установке

Окно ImageJ содержит строку меню, панель инструментов и строку состояния.
Изменение количества оперативной памяти, используемой ImageJ.
Для настройки используйте команду Edit → Options → Memory & Threads. Не рекомендуется устанавливать в поле Maximum memory значение большее 75% от общей оперативной памяти компьютера.
Открыть изображение для обработки можно с помощью команды File → Open или перетащив значки интересующих изображений на окно ImageJ.
Панель инструментов. кнопки на панели инструментов позволяют измерять различные объекты, наносить метки и другие элементы на изображение и др. Клик правой клавишей мыши по некоторым кнопкам (с маленьким красным треугольником в правом нижнем углу) позволяет открыть меню с дополнительными инструментами.

Инструменты выделения областей на изображении (Area Selection Tools): первые четыре кнопки панели инструментов позволяют выделить на изображении прямоугольную, овальную, многоугольную или произвольную область. Используя команды строки меню, выделенные области можно изменять, анализировать, копировать и др. При выделении области на изображении в строке состояния отображаются параметры данной операции, например, координаты (xx, yy) области выделения на изображении.

Инструмент линия (Line Selection Tools): данная кнопка позволяет создать прямую, состоящую из сегментов или произвольную линию (клик правой клавишей мыши позволяет выбрать необходимую операцию). Информация о линии при ее создании изображается в строке состояния. Двойной клик левой клавишей мыши по кнопке линии на панели инструментов позволяет вызвать меню для изменения толщины линии. Измерить длину линии на изображении можно Analyse → Measure (или Ctrl+M). Чтобы сделать линию частью изображения, нарисуйте линию и используйте Edit → Draw (или Ctrl+D).

Инструмент угол (Angle Tool): позволяет создать на изображении две пересекающиеся линии и измеряет угол между ними.

Инструмент точка (Point Tool): при установленном флажке "Auto-Measure" (двойной клик левой клавишей мыши по кнопке точка вызывает окно с чек-боксом "Auto-Measure") во время кликов по изображению ImageJ будет в окне Results (Analyze→ Measure или Ctrl+M) записывать координаты (X и Y) и цифровое значение яркости в диапазоне 0-255 в данной точке. Для цветных изображений будет указано среднее значение яркости красного, зеленого и синего каналов (Mean).

Инструмент волшебная палочка (Wand Tool): при клике по какой-либо точке на изображении выделяет прилегающие области, значение цвета в которых совпадает с цветом точки или незначительно отличается от цвета точки. Изменить чувствительность можно в окне Tolerance, (двойной клик по кнопке волшебная палочка). Пункт Mode имеет следующие варианты

Legacy - в этом случае волшебная палочка выбирает только одну точку (пиксель), в который вы кликнули и далее ищет пиксели с похожим цветом вокруг.

4-connected - в этом случае ImageJ ищет учитывает кроме пикселя, в который вы кликнули также цвет четырех прилегающих с разных сторон пикселей, и ищет пиксели с цветом, совпадающим с одним из рассматриваемых пяти пикселей.

8-connected - аналогично с 4-connected, но учитывается цвет не четырех, а восьми прилегающих пикселей.

Инструмент текст (Text Tool): двойной клик по кнопке Текст откроет дополнительное окно, в котором можно установить тип, размер, написание шрифта. После клика по кнопке текст, кликните по изображению в необходимой для размещения текста точке, далее, удерживая левую клавишу мыши нажатой, создайте окно для ввода текста. Вводите только английские буквы, чтобы ввести греческую букву μ нажмите Alt+M, чтобы ввести значок ангстрема Å нажмите Alt+Shift+A. Для изменения цвета шрифта используйте инструмент Пипетка. Вы можете свободно перетаскивать мышью поле с введенным текстом в необходимую точку изображения. Чтобы нанести текст в поле на изображение, воспользуйтесь Edit → Draw (или Ctrl+D).

Инструмент лупа (Magnifying Glass) позволяет увеличивать масштаб изображения при клике по нему левой клавишей, и уменьшать масштаб при клике по изображению правой клавишей мыши.

Инструмент перемещения (Scrolling Tool) позволяет в случае когда изображение превышает размера окна, в котором оно открыто, перемещать поле зрения на необходимый участок изображения. Инструмент можно активировать при выполнении любой операции, зажав клавишу пробел.

Инструмент пипетка (Color Picker): позволяет установить основной цвет (Foreground color), в котором ImageJ будет наносить текст и другие элементы на изображении. Цвет можно выбрать либо, при активированном инструменте пипетка, кликнув на изображении по точке с интересующим цветом, в этом случае основным цветом будет цвет точки, либо после двойного клика по кнопке Пипетка (или Image → Color → Color Picker) выбрать цвет из открывшейся палитры. Чтобы сменить цвет фона (Background color) на цвет точки изображения, при активном инструменте пипетка, кликните по необходимой точке на изображении с зажатой клавишей Alt.

Редактирование и анализ изображений с помощью ImageJ.

Отмена предыдущего действия (Undo). Edit → Undo отменяет предыдущее действие. Возможна отмена только одного действия.

Вернуть (Revert): File → Revert отменяет все выполненные манипуляции и переводит изображение в исходный после открытия вид.

Обрезка (Cropping): Выделив часть изображения с помощью прямоугольного выделения командой Image → Crop можно обрезать не входящие в выделение участки.

Очистить снаружи: После выделения участка на изображении команда Edit → Clear Outside очистит все участки, не попавшие в зону выделения. Команда "Очистить" Edit → Clear очистит участки внутри выделенной области.